Áhrif Hálslóns á gróðurfar eru einkum óbein
Breytingar hafa orðið á gróðurfari í Kringilsárrana, á Vesturöræfum og Fljótsdalsheiði frá 2006, en þær eru mismunandi milli svæða. Ekki er að finna bein áhrif Hálslóns á gróðurfar svæðanna, að því er fram kemur í viðamikilli rannsókn. Niðurstöður hennar liggja nú fyrir í ritrýndri grein.
Landsvirkjun hefur vaktað möguleg áhrif Hálslóns á gróðurfar í nágrenni þess og hefur Náttúrustofa Austurlands sinnt rannsóknunum. Markaðir voru ákveðnir gróðurreitir á svæðunum þremur, Kringilsárrana, Vesturöræfum og Fljótsdalsheiði og fylgst með þeim um árabil. Voru þeir síðast mældir á árunum 2015-2017 og gefnar út skýrslur í kjölfarið.